1813年4月，龚自珍再应顺天乡试，又名落孙山，7月，妻子因误诊卒于徽州府署。

1814年，龚自珍著四篇《明良论》，第一次明快地表露了自己的政治见解，对君权专制进行抨击。令外祖父段玉裁阅后又惊又喜，他欣然加墨批点，认为他的论述正中当今政治要害，是别具一格的见解。后回徽州后参与父亲主持的《徽州府志》重修工作。

1815年，续娶安庆知府何裕均侄孙女何吉云。祖父病逝后与家人回杭州守孝。两年后返京，租住北京法源寺南。

1818年（嘉庆二十三年），龚自珍又应浙江乡试，始中举，主考官为著名汉学家高邮、王引之。

1819年（嘉庆二十四年），龚自珍应会试落选，28岁的龚自珍会试落选，在京师与魏源一起师事今文学家刘逢禄，研读《公羊春秋》。

1820年（嘉庆二十五年），龚自珍会试再度落第，以举人挑选为内阁中书。

从1821年（道光元年）起，又任国史馆校对等官职，先后十几年。其间，他阅读了内阁丰富的档案和典籍，勾索旧闻，探讨历代得失，以后又参加《大清一统志》的修撰，写出了《西域置行省议》等有深刻见解的文章。

1829年（道光九年），龚自珍经过第六次会试，终于考中进士。他在殿试对策中仿效王安石“上仁宗皇帝言事书”，撰《御试安边抚远疏》，议论新疆平定准格尔叛乱后的善后治理，从施政、用人、治水、治边等方面提出改革主张。“胪举时事，洒洒千余言，直陈无隐，阅卷诸公皆大惊。主持殿试的大学士曹振镛是个有名的“多磕头、少说话”的三朝不倒翁，他以“楷法不中程”，不列优等，将龚自珍置于三甲第十九名，不得入翰林，仍为内阁中书。

1839年（道光十九年）春，由于龚自珍屡屡揭露时弊，触动时忌，因而不断遭到权贵的排挤和打击，他又忤其长官，决计辞官南归，

1839年6月4日（道光十九年四月二十三日）离京。9月又自杭州北上接还眷属。两次往返途中，百感交集的龚自珍写下了许多激扬、深情的忧国忧民诗文，这便是著名的《己亥杂诗》315首。

1841年（道光二十一年）春，龚自珍执教于江苏丹阳云阳书院。三月，父亲龚丽正去世，龚自珍又兼任了原由其父主持的杭州紫阳书院讲席。夏末，他曾写信给江苏巡抚梁章钜，准备辞去教职，赴上海参加反抗外国侵略的战斗。但1841年9月26日，突患急病暴卒于丹阳。

龚自珍纪念馆位于杭州​城东马坡巷6号小采园内，占地六百多平方米，1990年开馆。龚自珍纪念馆建于清末，属中式宅院，为清代桐乡人汪维所建“小米山房”，俗称“小米园”。1988-1989年，小米园整修后作为龚自珍纪念馆。馆占地约0.7公顷，建筑面积498平方米，已被列入市级文物保护单位。

纪念馆主体是座清代风格的两层楼房，上下五开间，兼有耳房，雕梁画栋，古朴典雅。馆内正厅安放龚自珍半身古铜色塑像，四周悬挂沙孟海、赵朴初等名家提写的匾额、楹联。四个展室，陈列了龚自珍生平图文简介、大事年表、史料、龚氏年谱、诗选和后人研究文集等。庭院内小桥流水、假山亭榭，在花木衬托下，富有古典园林的特色。

龚自珍故居有三处：

分别位于

北京宣武门外上斜街50号

北京西城区手帕胡同21号

杭州城东马坡巷6号小采园

杭州龚自珍故居占地600多平方米，现为龚自珍纪念馆。纪念馆主体是座清代风格的两层楼房，上下五开间，兼有耳房，雕梁画栋，古朴典雅。馆内正厅安放龚自珍半身古铜色塑像，四周悬挂沙孟海、赵朴初等名家提写的匾额、楹联。四个展室，陈列了龚自珍生平图文简介、大事年表、《定？刻本》、史料、龚氏年谱、诗选和后人研究文集等。庭院内小桥流水、假山亭榭，在花木衬托下，富有古典园林的特色。